o jogo, os protagonistas Banjo e Kazooie vão atrás da bruxa Gruntilda e de suas irmãs a fim de impedir que seus planos de vaporizar os habitantes do mundo do jogo se concretizem. Banjo-Tooie apresenta fases significativamente maiores do que seu antecessor, exigindo que o jogador conclua desafios como resolver quebra-cabeças, saltar sobre obstáculos, coletar itens e derrotar inimigos.